请问税务部门是按什么来征税的？

主要靠企业申报，如果税务部门根据一些因素发现企业存在申报不实的可能，会进行税务检查的，如果发现偷税，要根据税法和偷税情节进行处理．

一般是根据公司的财务报表,自行申报.但每年税务专管员会对单位账本凭证等进行检查,还会有税务稽查部门对一些公司的账务进行抽查.

财务报表中的应纳税所得额，主要缴纳三大流转税及一些附加税。