员工在上下班路上，由于自已的原因发生意外，并住进医院，这样用人单位是否给报销医药费？

如果有医疗保险的话当然是最好的了
不过象这种情况:公司最多是不扣除受伤请假当月工资,医疗是不给报销的,因为不是因工受伤

这个跟用人单位没关系，你可以走医疗保险。如果单位没给你上医疗保险，那么就可以追究单位的责任了。现在医保是强制的。单位必须给员工上的。