电磁波的能量由光子个数决定，光子能量由频率决定吗？为什么？

电磁波能量不是由频率决定的，而是光子数量（N）与单个光子的能量（E）之积决定，而单个光子的能量计算公式据是你所提到的：E=hv。
可以说电磁波的能量是一大堆光子的能量的总和，而单个光子的能量是：E=hv。

如果你指的是光波的话，这只是看法上的不同，因为根具爱因斯坦的理论，光波具有波粒二向性，就是说光波可以看作是粒子也可看作是电磁波，当把光波看作是粒子时其能量与光子的速度和质量有关，当把光波看成是电磁波时其能量与电磁波的频率有关，所以你所说的问题是两个观念上的东东，并不能合在一起考虑。
其实我已经强调过了，这是两个不同层面的看法，光子和波之间并没有联系，是光波的不同属性，所以光子的个数和振幅之间并没有联系，当你把光波看作是一个一个的光子时，光波的能量和光子的个数有关它等于每个光子所带的能量的总和有关，当你把光波看作是电磁波时，光波的能量只和光波的频率有关，如果还不理解我所说的两个层面的意思，给你个例子，就如同我们证明一个定理，反证法可以也可直接证明，这只是看法和观念上的不同，之间并没有联系。