如果一些增值税发票已经在差旅费报销且在当期损益中已扣减，还可以拿来抵扣吗

当然不行.
如果你有抵,则必须进项转出(即税金部分也计入损益):
借:管理费用-差旅费 XX(税金部分)
借:就交税金-应交增值科税(进项转出) XX(税金部分)

不好再抵!

不可以了，已经报销的增值税发票实际操作中的价值已经返回你的收益中。

如：买一台电脑8000元，增值税发票是7300元，你报销的同时7300作为税金已经扣除，相当于你的但脑只花销700元。