检察机关指控罪名与法院认定不一致怎么办？

改判故意损坏财物罪！
按照法理来讲，这个只能说是中国法律落后的地方，按照西方的惯例，如果被控罪名不成立，那么法院会驳回起诉，选告无罪，起诉人当另案起诉，但在中国，可能是为了提高司法效率吧，人民法院的惯例是若发现被告人所犯罪行有悖于公诉机关所起诉之罪名，则直接改判！这在学界也是广被声讨的！

根据最高人民法院的司法解释
这种情况下法院是有权变更检察院起诉的罪名的
当然这个问题是有争议的
人民检察院按照A罪起诉到人民法院，经人民法院审理认为，被告人的行为不符合A罪，而应当认定为B罪，遂以B罪对被告人定罪量刑。
按照《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法若干问题的解释》（以下称“刑诉法解释”）第176条第二项的规定“起诉指控的事实清楚，证据确实、充分，指控的罪名与人民法院审理认定的罪名不一致的，应当作出有罪判决”。据此可以得知，在指控罪名与法院审理认定的罪名不一致时，人民法院可以变更人民检察院指控的罪名，而以审理认定的罪名对被告人定罪。
按照现代刑事诉讼控审分离的原则，追诉权只能由控诉权人行使，“没有原告，就没有法官”。没有控诉人（在我国包括公诉机关和自诉人）的起诉，法院不得自行启动刑事追诉程序，法院只能根据控诉人的控诉范围和内容消极审判，不得就控诉人控诉以外的内容进行审理，更不得担当起第二控诉人的地位主动地追究犯罪。西方一句著名的法谚：任何人不得作为自己案件的法官。如果控诉和审判集合在同一方身上，那么行使审判权的法院就是自己提起的控诉的法官，他就不可能完全客观公正地对待被追诉人，公平正义将不复存在，依此做出的裁判也不具有公信力，这也是刑事诉讼模式从中世纪擅断的纠问式诉讼模式向更加文明的职权主义和当事人主义诉讼模式转变的根本原因。
另一方面，实体真实和程序正义两大诉讼价值观的冲突从来没有停止过，在面临二者的冲突时，是选择追求实体上的法律真实，还是程序上的正义？是侧重于打击犯罪保护法益，还是侧重于遵循程序正义的要求保护犯罪人的合法权利？不同的诉讼价值观指向不同的诉讼模式，传统理论上一般认为，以大陆法系为主的职权主义诉讼模式侧重与打击犯罪，而以英美法系为主的当事人主义侧重于被告人的人权保护。虽然近期以来一个很明显的趋势是双方的互相借鉴融合，区分已不甚显著。
按照严格