请公司的总经理可以同时在总公司和分公司领取工资吗？作为分公司的财务人员应该如何操作？

是可以的,一般的分公司经理的工资都是总公司订的,由分公司负责任发放,而且一般订的都是年薪,从工资表走也行,从现金走也行,反正都要通过应付工资来反映....
总公司那边发的工资一般都是奖励工资,是不会通过公司财务的

他如果同意，可以。做工资表时做上他的就是了。