为什么两种物质在一起就会生成新的物质

这个不是绝对的，关键要看这两种物质能不能反应。
任何事物、物质等都有熵（无序度）增的趋势，当两种物质在一起的时候，通过某些条件，如温度、压强等最会使这种趋势变成反应，使两种物质变成熵的总和大于原来两种物质的一种或多种物质。当然这是一般情况，即没有能量输入的情况，如果有能量的输入的话，还会有熵减的情况。我说的只是一部分，也不知道说的对不对，因为我只学过这些。更深奥的还是你自己去学习吧，这个在高中就会讲一些了。
你所谓的放在一起就变化其实也是有条件的，虽然这个情况在化学方程式上都不用标条件。