请问英语专业帮帮忙,谢谢!

Being sure 句子主语，后面带了一个从句，从句省略了that.句子谓语是 is another.系表结构。
it works as intended 是这个从句部分。

保证。。。。。是另一回事。

保证什么呢？ 保证 it works as intended. 它像被计划的/被设计的/被指定的。。。那样工作

全句翻译过来就是楼上说的：要保证它按照人们设计的方式运行却是另一回事。
翻译中的技巧之一就是把英文的被动语态转变为主动语态，更符合中文习惯。

一般情况下，that后面带的句子不长的时候，就可以省略that.

"it works as intended."可以改写成"it works as it was intended.

省略了主谓，并不影响句子的意思，也没造成任何歧义，为了不累赘，就剩了。如果都加上，你看看：
Being sure that it works as it was intended is another. 好累赘吧？英文中有一个规律，就是突出你要说的重点，你加上这些 that, it was 之后，是整个句子骤长，该强调的重点“being sure ...is another”被无形中削弱了很多，不突出了。在以后的学习中，你会发现很多省略的现象。

另外，我劝你别这样抠语法，语言很多时候要靠语感，读者通顺，没有歧义，才是目的。语法的作用是帮助你理解复杂句的，千万别本末倒置，让语法去指导一切。
读东西能懂，就过去，不要抠语法，读不懂的时候再找语法帮忙。

Being sure (That 从句 that被省略了） it works as intended is another

确保它（软件）按照设定的工作是另一回事。