我想知道我公司的违约金计算是否合理？

我于2002年7月来到山东鲁抗医药，服务期为4年，同时签订了一份违约金的协议。我于2005年3月份辞职，当时公司没有交清养老保险和住房公积金，于是我用住房公积金冲抵了部分违约金。在我们公司违约金可以商讨(曾有很多先例)，当时我也同公司进行了一番交涉，HR经理也同意减少1000元，但是要我打一个欠条。当时我没有打了,欠条的具体内容大概为：我今欠公司1000元。在同一天我缴纳了违约金，于是辞职走人了。在随后的几天HR经理和总经理相继在我辞职申请上签字确认，同意辞职。
但是当我于2006年3月份来提档案，公司HR拿出了但是的欠条，而且在欠条的后面，当时的HR经理在我的后面写上了“违约金”三个字。于是我不同意。
现在我想咨询一下，我们公司在当时住房公积金和养老保险没有交清，是否违约在前？而且当时的HR在我的欠条上加上的“违约金”是否合理，我是否应该交这个钱？ 如果仲裁，我是否可以要求公司提供以前人员辞职的违约金计算明细？
我是否已经过了仲裁期限？倘若到法院去起诉是否可以?

我想知道我公司的违约金计算是否合理？ 我想知道，我签订的劳动合同是否合法？公司更改工资标准是否违约？我想离职是否需要交违约金？ 公司解约,还和我要违约金？是否合理？ 我想问问如果我和公司签定的是3年的合同，月工资1500元左右，违约金每年1万是否合理？谢谢 这样的违约金是否合理？ 请问一下我的违约金是否合理？谢谢啦！ 我是一名外企成本，我想知道自己计算的成本是否合理， 再问个切身的问题：公司从工资中扣押金做为日后的违约金是否合理 违约金、赔偿金是否合理？ 我想知道 我的 饮食 是否合理 还需要什么