本公司五月份购进材料一批，有增值税发票，但五月份没有进行抵扣，但材料已入库，并已经出货。

原则上来说，每月账务系统里增值税销项税额要等于报税务局的销项税额，进项税额要等于报税务局的进项税额。

你既然上月未抵扣，肯定没有认证吧？一般应将未抵扣数字暂挂往来（如挂“其他应付款”），这样才能保证上月账务进项数与报税务局的进项数相符。

6月份抵扣时，再将原来挂往来数字转回到“应交税费——应交增值税（进项税额）”，同时去税务局认证，就可以了。
借：应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：其他应付款

增值税票在开票日起90日之内认证抵扣就可以了。

我不知道你五月份时有没有认证。

如果你认证了你五月不抵扣，对不起了，你以后永远也抵扣不了这张发票的税了。

如果没有认证的，那是可以的，五月份时把待抵扣的税款计入待抵扣进项税额 。

六月认证时把待抵扣进项税额转入应交税费-应交增值税（进项）

你五月份做进料，但是不做税金部分，六月份做进项税，以发票复印件做为附件就可以了。

你五月份应该是没有认证的，否则系统自动算抵扣额，不可能没有抵扣。
估计你5月份是按照含税价格入帐的吧，那就做笔调整分录就可以了。然后这个月再认证