独立核算的分公司收入款全汇到总公司会后由分公司开发票这样操作行吗

正确的做法就是这样的。
款项汇到总公司，这是对所确认的收入款项的后续处理，已经与确认收入本身无关了。
实务中，大多数跨地区设置分公司的大型紧密型公司都是这样进行的。比如有线电视，其各县、市都有分公司，分公司自行开票确认收入。但总公司为了控制各地分公司的财务，而规定分公司设置3个(最少)银行账户：收入账户(所有收入款项都要按规定汇回总公司，由总公司支配)、一般支出户(其资金来源于总公司的拨付，可以取现或转账等，用于分公司的日常开支)、基建账户(资金来源于总公司的拨付。用于分公司购建固定资产)。

不行.会重复纳税的.税法要求收入要开票纳税,这样你总公司要纳税,你分公司又开票,变成重复纳税.如果你总公司不纳税,税局查到,一样要补税及滞纳金.我朋友的公司就这样被税局罚了.