I regret that I've been deleted the files这句话有错么？

有，这里应该把been去掉。因为你要表达的是你“已经删除了”，所以，用过去完成时即可，不需要用过去完成进行时，而且你那个过去完成进行时也不对，应该是have been doing

错，应该是：

I regret that I deleted the files。