支付加班工资应扣个人所得税吗？

扣个人所得税有道理啊，有什么不可以，个人收入应该自行缴纳税.只是在现实中很多补的加班工资不支付税的，如在劳动仲裁调解单位付多少钱,这个\是一般不支付个人所得税的。
至于你说的能用发票来抵冲。我想这个就是单位的事情了。如果他把你的工资部分作为费用用发票来抵冲,那么是可以的，但是你自己这样说来拿发票抵冲我想如果没有单位同意那只是你单方面行为是不行 的，