公司这样支付加班工资是否合法？

完全合法。劳动法规定的工资是指基本工资，而奖金、岗位工资属于公司的福利，不是劳动法的强制要求，你们公司哪怕没有奖金、岗位工资都可以，只要基本工资不低于当地法律规定的最低工资就可以，而工人愿不愿做是另外一回事。应该说绝大多数的公司都是安装这种方法计算加班费的，但是加班工资应该是平时的1.5倍（延长工作时间，如应上8小时的延长到12小时，那多的4个小时按1.5倍算）、2倍（双休日）、3倍（法定国假日）。

要知道奖金、岗位工资都是工资性收入，国家不会因为他是公司的福利就可以免税。

根据劳动部关于实施劳动法的意见规定：
劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。
“工资”是劳动者劳动收入的主要组成部分。劳动者的以下劳动收入不属于工资范围：
（1）单位支付给劳动者个人的社会保险福利费用，如丧葬抚恤救济费、生活困难补助费、计划生育补贴等；（2）劳动保护方面的费用，如用人单位支付给劳动者的工作服、解毒剂、清凉饮料费用等；（3）按规定未介入工资总额的各种劳动报
酬及其他劳动收入，如国家根据规定发放的创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖、合理化建议和技术改进奖、中华技能大奖等，以及稿费、讲课费、翻译费等。

否