电脑开机时候有个CHKDSK IS verifying indexes(stage2of3)然后下面的启动就超慢, 数字从1到100要2分多钟

你这里开机自检，一般是在非正常关机下或者磁盘有错误的情况下出现。
解决方法：修复磁盘：
右击磁盘（如C盘）然后单击“属性”命令下的“工具”标签，再单击“开始检查”按钮，把“自动修复文件系统错误”和“扫描并试图恢复坏扇区”前打钩。最后单击“开始”按钮。
建议最把每一个盘修复一下。

如果还是不行，开机时只是检测C盘，则建议重新安装系统。如果重装完后其它的盘还会进行自检，重装也是没用的，那最好就重新分区后重装系统。(分区会修复硬盘的一些逻辑错误)

实在没办法，出一个下策了。用chkdsk命令
在开始运行中输入四次
chkdsk c: /c 确定
chkdsk D: /c 确定
chkdsk E: /c 确定
chkdsk E: /c 确定

是哪个盘？
开始运行 CMD
输入
CHKDSK ？： /X
？是要取消自检的磁盘

把D盘进行磁盘整理一次就可以了.
我的电脑昨晚上正常关机后.今天也出现了这个情况,而且进入(2 of 3)这步,等待的时间较长.在网上找了好多答案都无法解决.于是,我正常进入系统后,用最新的版优化大师标准版进行处理.步骤如下:
1、打开优化大师(7.82.8.602版)-系统清理-注册信息清理-扫描-全部删除.
2、打开优化大师(7.82.8.602版)-磁盘文件管理-点选：C，D两个区-扫描-全部删除。
这样就可以了。
我怕像你说的那样重启右后出现。我重启了3次，均未出现错误，系统还比以前更快了。请按我说的试试。