当事人王某某2003年就已经去世，2008年我再用王某某2000年写的委托协议起诉，委托协议还有效吗？

不能，按照民法通则相关规定，委托人死亡的，代理协议自然终止。
据你所言，王某2003年死亡，你们2000年签订的委托协议在2003年王某死亡时自然终止。故你不能在2008年使用该份委托协议代理他的诉讼。

一、委托人死亡后，委托协议中止；
二、实体权利已经由其继承人享有，原委托人的名义已不能再处置。即已经不存在替王某打官司的问题了。

不能
王某死亡，应有其继承人承担民事权利义务

应该不能