海关总署是国务院的直属机构，但为什么又不是国务院的组成部分呢？

国务院的组成部门只有以下：国务院各部、委，中国人民银行和中央审计署

其他的就只是办事机构（国务院港澳办.
国务院侨务办公室.国务院法制办公室,国务院研究室.国务院台湾事务办公室.国务院新闻办公室 ）
直属机构（中华人民共和国海关总署 (正部级）

国家税务总局 (正）

国家工商行政管理总局 (正）
国家质量监督检验检疫总局等

你的问题后面的“组成部分”应该换成“组成部门”

国务院的组成部门只有以下：国务院各部、委，中国人民银行和中央审计署。