请教熟悉劳动法的人士：我与公司签署的迁户协议是否有效

我于2007年10月18日与公司签署关于迁户的协议：公司为我迁深圳户口，我必须在公司服务2年，违约金基数2万，违约金计算方式为违约金基数*（24个月—已工作月份）/24个月。
这个合同全称是：关于《劳动合同》的补充协议，协议中甲方为我们总公司，但下面盖章为我们总公司下面的一个分公司
请问这样的协议是否生效，我现在辞职的话，是否一定要赔偿1万元呢
另外我的档案也在公司。
而且此份协议乙方为我本人，但是公司却只给我协议的复印件，原件却不给我本人，请问我怎么做比较好呢？
协议明明写明“本协议一式两份，甲，乙双方各执一份，具有同等法律效力”
公司却死活不给原件给我，两份原件一份总公司人事留存，一份分公司人事留存，只给我复印件。我担心我只有复印件，没有证据，或者我投诉相关部门时，公司将2份原件收回重新盖章，这样我就比较被动了

协议中甲方名称与盖章的公章名字不一样（为甲方名称为母公司，盖章为子公司。母公司为独立法人，子公司为非独立法人。），对协议的有效性没有影响吗？

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