个人所得税应由谁收取？

这不是合理与否的问题，公司“必须”这么做。
按《税收征管法》及《个人所得税暂行条例》的相关规定，公司“必须”代扣代缴职工的个人所得税。如果它不这样做，将会被税务局处以应扣税款50%至3倍的罚款。

公司扣缴你的个人所得税，应该给你开具“代收代扣税款凭证”，你可以拿它去税务局开具个人所得税“完税凭证”，作为你已交纳个税的合法证明。

　　个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。
　　下列各项个人所得，应纳个人所得税：
　　一、工资、薪金所得；
　　二、个体工商户的生产、经营所得；
　　三、对企事业单位的承包经营、承租经营所得；
　　四、劳务报酬所得；
　　五、稿酬所得；
　　六、特许权使用费所得；
　　七、利息、股息、红利所得；
　　八、财产租赁所得；
　　九、财产转让所得；
　　十、偶然所得；
　　十一、经国务院财政部门确定征税的其他所得。
　　其中工资、薪金所得：
　　每月应交个人所得税按个人工资薪金计算交纳的个人应交的税额，以每月收入额减除免税的应个人负担的“五险一金”等项目，再减去允许扣除费用3500元（外籍人员按4800元）后的余额,为应纳税所得额。
　　公式：每月应交个人所得税额=应纳税所得额*适用税率-速算扣除数。
　　每月应交个人所得税额=（工资-个人交五险一金金额-个人所得税扣除额3500（元）*税率-速算扣除数；
　　例：交个人所得税额=（工资5800元-个人交五险一金金额1044元-个人所得税扣除额3500（元）*税率3%-速算扣除数0元=37.68元。
　　附：个人所得税税率表（工资、薪金所得适用）
　　级数 每月应纳税所得额 税率(%) 速算扣除数：
　　1，全月应纳税额不超过1500元的，税率为3%，速算扣