企业代收员工个人所得税，如何能查到税款是否真正申报到工商部门

是地税部门，而不是工商部门。

财务上扣税以后会向地税局填报扣税清单，你去财务上查扣税申报表就可以了。有税务局的章。

不是交工商部，是交税务部门。
可以查到，一是从会计的完税凭证和个人所得税代扣代缴汇总表可以查到，而是可以凭自己的身份证到税务局查询，税务局会很热情地接待你。