如何判断基因是直接还是间接控制生物性状的？

将此基因敲除，观察性状变化；将此基因转入缺失此基因的生物，观察表型是否恢复。
至于是直接或者间接，可以考察该基因的转录以及翻译产物是结构蛋白还是调节蛋白。如果是结构蛋白，那么是直接控制性状；如果是调节蛋白或RNA，那么是间接控制。