在不同城市之间的两个公司的能通过什么方式进行银行资金往来?

最常见的方式就是电汇，这种方式比较快捷，而且资金的安全系数很高。
填写一张电汇单，写明收付款双方的全称、账号、开户行、所在地，写明金额（大小写相符），写明汇款用途，在第二联加盖银行预留印鉴（财务章、法人章），送交开户行就可以了。