只有小分子和离子才能通过自由扩散和协助扩散进出细胞吗?

没错，而且小分子中只有脂溶性或者非极性强的才可以，协助扩散则有很强选择性，比如一部分葡萄糖，有离子通道的几种离子

是的，自由扩散（单纯扩散）、协助扩散（易化扩散）和主动运输都是小分子和离子进出细胞的方式。

大分子出入细胞是通过胞吞和胞吐的方式。