I didn't expect them to be waitng for me when i arrived there so late.

be waiting比较合适。be waiting 表示的是我到那的时候他们还在等，表示他们一直在等，表示动作一直持续。如果是have been waiting 的话，就是我到那之前他们一直在等，那么我到那之后他们就可能没有等了。你说哪个好呢