增值税发票付款

不一定，发票与付款没有必然联系，不是说开增值税发票就限定了付款方式或者付款资料，企业之间可以协商付款方式，现金也可以，转账到指定帐户也可以，这是合法的。

税务查账不管这些。

付款是一定要通过对公账户的银行支付，基本户或一般户都可以。因每个公司不止有一个帐户，所以你办电汇或者到提的话先问清楚再办理，如果给支票就简单多了。
付现金给供货商，一种可能是金额小；一种可能是当时能提货、要发票（有的单位是支票到帐后才能提货、开发票）。
只要是真实的业务，就不用担心。

增值税发票上的货款可以付现金。没有问题。

货款必须通过银行或支票不能付现金，他这种做法是不对的，那么税务查帐时可能要罚款的。