我们公司是小规模纳税人,两个月前供应商开给我们的增值税票现在怎么入帐???

你在小规模的时候收到的增值税专用发票是肯定不能认证的。系统会提示你的发票开具日期在你认定为一般纳税人之前，不予认证。
如果你想退票的话，就快点。超期的发票对方也没有办法冲红重开的。

办理销售退回，

然后再买回来。

只有被认定为一般纳税人后（含辅导期、临时）收取的增值税专用发票才允许认证、抵扣，认定为一般纳税人之前收取的专用发票不得抵扣！由于小规模纳税人不得抵扣进项税，因此如不做退货处理，可按收取的普通发票入账。

超过90天期限，不可以认证抵扣进项税额。
你要么在90天到期前与供应商商量发票退回重开，尽快争取搞定一般纳税人资格后抵扣进项税额；要么就直接用9月份的增值税票全部做进固定资产（不抵扣的话，什么时候入账都可以，但最好在年内入账，因为涉及到折旧的提取）。