综合计算工时制下员工加班费计算的问题（实际工作中遇到的问题）

我们公司部分岗位采用的工时制度是综合计算工时，计算周期为季度结算，按照劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》的答复，综合计算工时的周期总工时不应超过法定标准总工时，如果超过，则超过部分应按延时加班结算加班费（150%）。而我们公司实际操作是以下这样的：总工时不跟法定标准总工时比较，而是与公司标准工时人员的本季度总工时比较（理由是我们公司休息日除了公休日104天，法定11天以外，还特别休假4天，这样的话，实际出勤日就跟法定不一致了，所以比较就与公司标准工时比较，我想问的是这样做合法吗？--问题1），比较后，超过标准工时的部分，如果是该班次日出勤小时的整数倍的，按公休日加班结算，余下部分按延时加班结算（问题2：我想知道这样操作有什么依据吗？我一直弄不明白这个问题？虽然这样处理可能有利于员工）
举例说明：（本公司）
本季度综合计算总工时：535H
法定标准季度工时：500H
本季度公司正常班的总工时：490
1、法定计算加班费应该等于小时工资*（535-500）*1.5
2、我公司具体操作是这样的：多出的工时为（535-490）=45H,(另外我们公司倒班人员每班次日出勤10.5H),所以我们公司结算加班费时就按42小时为公休日加班（10.5的4个整数倍），余下部分3小时为延时加班，这样做有什么依据吗，请解答或参与讨论！谢谢！
多谢楼上的答复！但我还是不太明白是怎么回事！我想在补充一下问题：综合计算工时制度下，多出来的工时有按公休日加班结算的做法吗？根据法律规定应该无论多多少，都只应该按延时加班结算啊，可有种说法是多出来的工时，只要是每一出勤日小时的整数倍数的，就应该按公休日算，余下部分按延时算．我最想知道的就是以上结算方法的依据是什么？如果没有相关的法律依据，这样做的初衷或出发点可能会是什么呢？谢谢！

综合计算工时制度的加班费计算 什么是综合计算工时制？ 实行综合计算工时工作制的周末加班费 综合计算工时制度 关于综合计算工时制的问题 综合计算工时的实施方案 综合计算工时工作制下事假和病假如何处理??? 轮班制的综合计算工时的员工在法定假日正好赶上轮休了，是否还支付加班工资，或者安排轮休？ 如果某企业实行综合计算工时制，是否包括办公室人员？ 国家铁路劳动者实行综合计算工时工作制办法