中国领土台湾法律是否适用于中国员工

一句话的事，当事人规避我国强制性或者禁止性法律规范的行为，不发生适用外国法的效力。
首先起诉生效是在深圳的地方法院，而不是那个什么的台湾地方法院，所以标注其实也就是无效的。

补充：LZ，很对不起，在回头看自己的回答时觉得自己之前的想法错了，希望还没有误导你，修改为：
1、同意官金福网友的观点：你们约定纠纷的管辖法院、和准据法条款是无效的。因为：
(1)在中国大陆，劳动合同不是普通的民事经济合同、不适用《合同法》和《民法通则》来调整，只适用《劳动法》和《劳动合同法》，发生纠纷时也不是像违反《民法通则》《合同法》时可以直接到法院起诉，而是要先行提起劳动仲裁之后才可以起诉：这一切都说明：在中国，劳动合同与普通的民事合同、经济合同是不同的，适用国家特殊的法律规定来调整。
(2)所以：《民法通则》和《民事诉讼法》、《合同法》中关于涉外经济合同当事人可以选择合同的准据法、管辖法院的规定，不适用于你们之间订立的合同，你们的合同中约定适用台湾法、由台湾法院管辖，违反了中国法律的强制条的规定：当事人规避我国强制性或者禁止法律规范的行为，不发生适用外国法律的效力。”

依据是：(1)《劳动法》第2条规定：“在中华人民共和国境内的企业、个体经济组织和与之形成劳动关系的劳动者，适用本法”。
(2)《劳动合同法》第2条：“中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织（以下称用人单位）与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。”

2、“公司注册地是在台北，只在中国注册代表处”：有代表处、在中国大陆经营、并在中国雇佣员工，就是《劳动法》和《劳动合同法》调整范围内的用人单位。

3、“公司没有支付保密费”：按照《劳动合同法》，约定了保密条款的应当约定并支付保密费，合同没有约定的，你可以和公司协商。

4、“不过有说归深圳法院管，有说按照双方约定归台北管， 大家能说说依据吗，我最关心的是适用法律和管辖法院这两件事了”：之前没有注意到你是劳动合同，没有仔细看提问，现在改变观点了，认为：将来如果有纠纷，应由深圳劳动部门先仲裁、不能由台湾法院管；适用的法律也只能是中国的《劳动法》和《劳动合同法》。