Are you going by bus or on foot？

其实我觉得吧，两个句子在意义上没什么不同，大多情况可以混用
但是按照习惯，are you going表示的是很快就要发生的情况，比如：
-Oh,I'm sorry but I have to go home by now.
-OK,are you going by bus or on foot?
而will用在计划的时候比较好，比如：
-So Mary asked me to see her when the job's done.
-Really? Will you go by bus or on foot?

同义，be going 比 will 表示对未来更加确定

对,更好

对的，我觉得原句更好，will表示意愿的意思更强，反而不太合适。

对,原句更口语化,显得亲切.原句的意思是:你乘公交车去还是走着去?