带酶切位点的引物设计问题

来源：百度知道 编辑：UC知道 时间：2024/06/08 16:35:00
带酶切位点的引物设计时计算Tm值,退火温度及GC含量时是否要把酶切位点和保护碱基计算在内?我觉得不用,因为酶切位点可以不用跟模板结合,请高手指教!!!!!!!!!!!

需要。酶切位点接头和保护碱基的序列可能存在和模板互补的区域（因为你酶切接头和保护碱基整个大约有8~10个核苷酸了），从而造成结合能的改变。我记得是有一个计算Tm的校正公式的，可以计算存在单链域的双链DNA的Tm值的。

不用的。在设计引物时先不考虑酶切点及保护碱基。不过引物要设计稍微长一点平衡一下。相信我，这十年都是这么设计的。

实际上没必要的