我持中国护照，在日本上班，因工作关系要去台湾需申请什么签证能呆多长时间，是否能多次出入境

1.去当地国家的台湾外办处，办理台湾签证。申请，准备材料。
2.办商务签，工作签，都可以多次出入境，你在台湾当地的公司给你出证明，还有担保。就没有问题。

不知道你现在的身份（是否在日本工作4年上等等）
不知道你公司的性质（在台有份不等等）
很难几句话说清楚地

但是你可以参阅 中 华 民 国 内 政 部网站，很详细的介绍了，认真看，肯定会找到的
http://www.immigration.gov.tw/ns/maind.htm

你必须回国办大陆居民往来台湾通行证，再到香港办台方赴台证件。
不过现在大三通了，估计手续会简单，但你肯定必须回国办。

用你工作单位的集体商务证就可以自由出入台湾