S轨道和P轨道有重合的部分？

这样的西格玛键应该不会经过S轨道的中心也就是原子核的。不要把图看得这么重，那只是一个模型，表达微观结构的模型很多，我们学的是理论，模型应该在理解的基础上淡化，不然不利于你对后面有机化学等的学习。

新手没关系
这里有一个核物理中的概念：电子的波粒二象性
指电子的运动同时具有波的性质（会发生衍射等现象）和粒子的性质（有质量、带点荷）
所以电子可以在p轨域上下两部分"穿梭"
具体的你可以查资料

你是看到金属能带理论了吧......