一位秘书正在办公室忙着处理公司一批紧急公务

当然上司的事情是一定要做的。
你可以向上司说：“x经理，我现在手上有点急活，最多10分钟，您看来得及吗，不行我现在就去。”——这样说的好处就是你的公务若是干不好责任不在你而在你上司身上，同时又显出一副为领导赴汤蹈火的样子。
而在这10分钟里你可以把紧急公务交代给可以帮你做的人，做好了是你分内的事，做糗了是上司的事。

秘书职责本身就决定应第一为上司服务。更何况：上司若是不高兴时，公务处理的再棒也是枉然。如此而以。