内地人持港澳通行证，从深圳蛇口坐船到澳门，可以直接过关上岛吗？还是必须去拱北口岸过关？

那要看你的签注了嘛。如果你的签注是个人旅游（G签），就可以从蛇口坐船到澳门，没问题。如果是团队旅游（L签），那就必须要做名单。记得好像蛇口港那边也有旅行社可以做名单，但毕竟不如拱北方便。
没听说参团必须走拱北，参团的只要有名单，拱北、蛇口、横琴，甚至湾仔或内地任何口岸都可以过关的。

当然可以啊，我从好几年前就是用通行证坐船过关的
除非政策变了那我就不知道了
但是我最近在澳门码头过关还是看到有很多人持通行证的呀
排队都有分澳门居民和持通行证居民的

可以。持港澳通行证可以直接坐船从蛇口到澳门。

当然可以