一般疑问句作宾语从句时if可否全部替换为whether?

有一种情况不可以 那就是宾语从句是否定句都时候. eg. I don't care if he won't come. 这个句子里if 不能改成whether。

可以，没问题。但在主语从句或者表语从句中，只能用whether。

whether和if的用法区别
whether和if常用来引导宾语从句，这时两者的含义区别很小，一般可通用。
例如： ①I don't know whether/if they will come to help us. 我不知道他们是否来帮助我们。
②I am not sure whether/if I'll have time to go with you.
我很难说我们是否有时间跟你们一起去。 上面两句无区别。
但是，当whether与or not连成一个词组时，whether不可换用if。
例如： ③I don't know whether or not they will come for our help. 我不知道他们是否要来求我们支援。

一般情况下可互换，但下列情况下最后是用whether,不用if：
1，引导主语从句，表语从句和同位语从句时；
2，用在介词后面或后跟or not时
3.用在动词discuss等后面时