看报关员书里面说海关要收增值税，但是我们公司出口只是交了报关手续费啊

那是进口阿 出口一般只收手续费 个别收出口关税 为了鼓励出口嘛

增值税是对进口货物来说的，在中国，大部分货物出口不但不用交税，国家还给予一定比例的退税，以鼓励企业多出口创收。

出口一般不征税。
你看的是进口条款。

规定是进出口都要交纳增值税的，但是为了鼓励出口，大部分企业的出口是不用交增值税的。一般出口采用免抵退或先征后退的办法。