中了木马，木马是程序是单独运行吗？还是附加在启动文件中，无法发现啊？

那就看什么木马了
有些是单独程序、有些是捆绑到一些程序上
一般都是自启动的
难道没有杀毒软件？或者你可以用 木马专杀 工具

木马可能是独立的进程，也可能是几个进程关联，这种的容易发现。
有的是 dll 注入，感染别的系统进程，就没自己的进程，不容易发现了。
用专杀木马的工具，如木马克星，木马杀客……