我是今年的应界毕业生，与单位签订三方协议，违约金是一万元！

民事上的合同均以双方约定为准，只要双方都同意，违约金不管是十块钱还是十万块都是可行的。对方提出这个一万元的方案，是需要你同意的。你不同意可以要求对方修改，改成十块，一百块，一千块……否则拒绝签署合同。找其他违约金不高的单位签合同。
其他民事合同也是如此，要签约双方都同意才能生效，一开始意见不统一就慢慢谈判，直到有一方妥协或者主动退出。