09年1月1日后小规模纳税人的税率调整为3%，可我仍按4%上报税务局的，请问该如何调整

可以，把多交的在下个月减去。

可以的

你报的应该没错，你1月份申报的是08年12月份的增值税，调整是从09年1月1号作调整税率为0.03也就是二月份申报的才是09年1月份的，税率才按0.03.不知我理解的对否。