通过中介买了房产证还没办下来的房子,原房主的房产证和购房发票应该放在哪里?

当然是你自己那里,你出的钱啊!中介就是办事的,不要把他当成中间人.
不要以为有中介就没有风险,中介就是最大的风险!

应放在自己手里.

办理过户多长时间了，房屋过户是个大问题，既然房款已付，办完手续的话，证肯定在您手里。
建议到房管局问一下，看看是否在办理，如果在办理你就可以放心，如果房产证已办出来，肯定应该在您这里。一定要找中介要回！不要拖~ 尽快咨询！