我的房屋是违章建筑我还能不能索取邻居的遮阴赔偿

你是说采光权吧？~~
这和你房子有没有手续没关系，你要求采光权是你的居住权利的一部分，是本该有的权利。
而是不是违章建筑是由政府的土地和规划管理 部门才能说了算的。
前者是民事权利 后者是 行政处罚。不相干的。