罗马全面战争随从改完后敌人的将军也是一样

你所说的随从应该指的是将领卫队吧？
想要使罗马三家的将领卫队强大，而同时又不改变其他派系的将领卫队的话，可以在Data\export_descr_unit文件里修改。这个文件里全是各个兵种的基本属性。找到Roman generals guard cavalry和Roman generals guard cavalry early后修改就可以了。其中stat_pri和stat_sec后的数据影响攻击力，stat_pri_armour后的数据影响防御，stat_health后的数据是生命力（注意后面那个数字不要动！否则会出错！）

不过这样只能做到罗马三家一起强悍，不能单独使某一家厉害。同样，如果修改希腊派系的将领卫队（即 greek general's guard cavalry） 的话，所有希腊系的派系（如希腊城邦，马其顿，赛流古/底希律等）的将领卫队都会随之改变。

至于问题补充...我没看明白...什么叫只有的城市出？
估计是指斯巴达重步兵之类的兵种吧？
像斯巴达重步兵，罗马第一军团等兵种的招募是有地域条件限制的，下面给出破解斯巴达的方法，你可以类似地改下别的：
在DATA下的export_descr_buildings文件里找到5级兵营(royal_barracks),在后面的拥有国里加上greek_cities(按照原文件的书写格式加上逗号和空格)再在5级兵营可以征召的兵种里找到greek hoplite spartan,把后面的 and hidden_resource sparta去掉就可以了。
另外！强烈建议你改之前把原件备份一个。修改需谨慎，改过了会出问题。

把随从改成只有的城市能出就行了

建议改专署兵种象希腊特有的重装步兵和斯巴达人。