总公司的房产给子公司办公，房产税由总公司支付，税务部门认为是租赁行为这样合理吗？

税务部门认为是租赁行为是合理的。
总公司和子公司是两个独立的法人企业，也是两个独立的会计主体，他们之间发生交易行为需要独立核算，会计准则怎么规定的就应该怎么核算。
他们只是控制和被控制关系，资产负债所有者权益都是各算各的。
只是在期末编制合并报表的时候才进行合并的抵消处理，但也只是合并报表，该交易的实质还是租赁，总公司是出租人，子公司是承租人。