上月已入账的进项税，结果税务局说不能抵扣，该如何调账？

如果税务局说不能抵扣的情况下，我猜你公司是小规模纳税人吧。如果是小夫模纳税人的话，那么所交的税金直接入所购买的物品/材料中。
如：A是间小规模纳税人，购进了一批原材料，价款100，交增值税20，已验收入库，采用实际成本计算的。那么会计分录如下：
借：原材料120
贷：银行存款/现金120
那么你现在应该这样做会计分录，将它调正过来：
借：原材料20
贷：应交税费-应交增值税（进项税）20

调入原料成本
借方：原材料 20
贷方：应交税金-进项税转出 20

借：原材料 20
贷：应交税金-进项税额转出 20

那要看是什么原因了,如果要是没取得增值税专用发票,当月已作进项,当然不能抵扣,可以先不用调帐,有增值税发票后就可以抵扣了.如果要是根本就没有增值税发票,就应该增加原材料的成本