这样算是违法吗？我们怎么才可以维护我们的合法权益？

在这过程中该学生与学校达成了一种保管合同，而学校的做法为违法行为。合同一方在履行合同过程中该对方造成损失的，应承担违约责任或损害赔偿，所以学校应该进行赔偿。

学校既然收取了自行车保管费那丢车学校肯定有责任，你可以向学校或是当地教育局反映情况追讨损失。

已经构成保管合同关系。你可以要求学校赔偿承担责任。