我公司是小规模纳税人，我按照出库单写凭证

如果是卖出商品，则应该是
借：应收账款
贷：主营业务收入
应缴税费-应交增值税（销项税额）（金额=主营业务收入*3%)
结转成本
借：主营业务成本
贷：库存商品

应：借：应收帐款
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税（销项税）
借：主营业务成本
贷：库存商品

那你商品入库了没有呀

应该是借：应收帐款
贷：主营业务收入（销售收入之类的）
每期末还要结转，
借：主营业务成本（销售收入成本之类的）
贷：库存商品

按照出库单写凭证是结转成本的
借：借：主营业务成本
贷：库存商品

是根据销售发票来确定收入的
借；应：借：应收帐款
贷：主营业务收入
应交税费-应交增值税（销项税）

你概念搞错了

1.可能是因为你有入库单没有入库的情况发生，这是很有可能的
2.最根本的原因，你这分录做的就不对

应收账款是收入，而库存商品是成本，怎么可能收入和成本一样呢，那你还有什么赚头？收入肯定是大于成本的，如果你以前每期都这么做的话，那肯定是结余金额是红字了，这根本就不用多想

正确分录
借：应收帐款
贷：主营业务收入（销售收入之类的）
每期末还要结转，
借：主营业务成本（销售收入成本之类的）
贷：库存商品
另外，楼上的税金什么的，小规模无所谓，月底一次汇总收入，再做一个
借：应交税费-应交增值税 （月销售收入 *3%）
贷：银行存款

就可以了

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