假如我在申万证卷公司的一个分店开了一个户

你一定要先问问申万证券，他们是否已经是实行了集中交易，如果是的话，那么就可以象银行通存通兑一样进行交易，（但您原来在营业部开的资金账号要换成申万公司全国统一标识的号码），如果还不是集中交易的话，那么你就只能回到原来的网点交易，也可以向他们申请跨地转托管