球在箱子旁,能译成by the box 么？

可以， by the river 也不是特定的组合。 by的一个意思就是 “在....旁边”例如 by the table 就是在桌子的旁边， by the window 就是在窗子的旁边

应该可以，在近处；在旁边

standing by the window
站在窗户旁边
a table by the bed
床边的桌子
规矩点还是beside

楼上笔误了吧
是beside，表示在...的旁边
besides表示“此外”

一般by不直接用，通常前面有其他动词。

比如，球在箱子旁你可以说the ball is lying by （或beside）the box
但你不可以说the ball is by the box

补充回答：by the sea/ by the river等等前面也是要动词的,比如live by the sea，住在海边