我司是挂靠公司,工程款经挂靠公司扣除税款及挂靠费后以支票入我司账，怎么做分录？

你的提问不是十分清楚,可能我的回答也不是很准确.
我理解你的提问为:
你们公司承接的工程,因某种原因(如无某种资质等)挂靠了一个公司,以挂靠公司的名义来承接这项工程,工程完工后,由甲方将款直接打入挂靠公司的账上,再由挂靠公司扣除税金及一部份管理费用后将款付给你司.

分三种情况,但不管哪种情况,这款实质上都是你公司的收入.至于如何去平衡账目,这是每个会计都应该会做的.
一种为:由挂靠公司开出地税发票(一般由工程所在地地方税务局代开发票)给甲方.像这种情况的话,合同签订方为挂靠的公司与甲方.如果挂靠方采用银行转账的方式付给你司,最好的方法是,你司再与挂靠公司签订一份分包合同(即由挂靠公司将工程分包与你司).你司也应到地税去开一张发票给挂靠公司.凭发票作为你司的收入入账.
注意的是:开发票时,必须取得挂靠公司开给甲方的那张发票的复印件及完税凭证复印件.你们公司凭此复印件及分包合同去地税代开发票,交的税种为"应交个人所得税-带征" (约为合同总金额的1.4% ) "应交企业所得税-带征" (约为合同总金额的1.2% ) 以及印花税 城建税 教育费附加(此三种税的应交金额不多,不再说明)
按以上方式操作的话,是完全合法合理的,缺点是要交税

二种为:挂靠公司有开发票给甲方,但你司不开发票给挂靠公司,那么,只有要求挂靠公司付现金给你司(即不通过银行转账),收到款后作为你公司的内部收入处理.(这是你公司偷税)

三种为:挂靠公司也不开发票给甲方,也只有要求挂靠公司付现金给你司,收到款后作为你公司的内部收入处理.(这是你公司和挂靠公司一起偷税)