怎么转党组织关系？

不用开函，你要先知道你把组织关系转到南京的那个组织，直接到昆山去开介绍信就行了。从你组织关系在昆山的党支部逐级开到昆山组织部，然后就可以直接开到南京某个区（你要落组织关系的支部所属的）组织部，然后逐级开下去开到你要落关系的支部。
也可以让人帮你在昆山代办，你提前给昆山那边组织关系所在单位说明一下就行。

让你在南京的工作单位的党支部开一个函给昆山的政府部门，你跟南京的党支部说把组织关系转过来就可以了，他们肯定做过，都知道怎么做了，接下来的事你就不用担心了。